微生态制剂em菌在使用方法上有两种：内服和外泼。喂养生产中虾农在使用微生态制剂em菌时普遍存在错用的问题，再次特别都说正确的通用方法如下：
 

微生态制剂em菌都说使用农富康水产专门设计em菌，农富康水产专门设计em菌分为菌种和菌液两种状态，菌液可直接使用，比较方便；菌种需要先配成菌液才可使用，一瓶菌种可配置10瓶等量菌液，大幅降低em菌使用成本。如上图：

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一、放苗前期　
  虾池经清理冲洗消毒后，放入新的消毒海水，次日肥水，待稍有水色后，加入微生态制剂em菌，由于新入海水，水中致病弧菌等相对较少，此时投入微生态制剂em菌一方面可起到肥水作用，另一方面则可使微生态制剂em菌形成优势种群，在施用微生态制剂em菌的情况下，所获得的藻相也是以有益的藻为主。这样初步获得了菌藻平衡。

二、喂养前期　
  投放微生态制剂em菌后，第三天可在虾池中单独补充芽孢杆菌。当喂养进行到大约10天左右，由于虾仍处于幼虾期，游泳能力差，不能排污，虾池中开始积累一定数量的残饵和粪便。此时应及时补加微生态制剂em菌。并根据需要经常少量添加新水。注意在喂养前期，除非对虾出现病害征兆，否则不要轻易消毒。

三、喂养中期　
  喂养一月后，对虾的活动能力增强，池塘已积累较多的粪便、残饵。此时，应通过排污排去底层污水。及时补入新水。由于消毒剂通常对各种都能杀灭，待消毒剂的药性消失后(一般为3天)，其他有害还没有大量繁殖前，应及时补充新的微生态制剂em菌。此时，对虾基本上可以摄食2号，此时除了上述在水中施用微生态制剂em菌外，还可以在以后全程喂养中拌服微生态制剂em菌，拌服量占本餐投饲量的1－3％。

四、喂养后期　
喂养达二月后，进入后期，生产上一般采用大排大灌更新池水，在这个时期原则上不再外泼微生态制剂em菌，因为换水频率较大，新加入的微生态制剂em菌很难繁殖起来。因此应以内服为主。投喂量和中期相同。